MacOS Math Station Howto: HomeBrew setup

MacOS Math Station howto

HomeBrew setup

1. Install Homebrew

In terminal

xcode-select --install

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
echo 'export PATH="/usr/local/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

2. R, Rstudio and Mactex: this link (R-Bloggers).

brew tap caskroom/cask   brew install brew-cask   brew install Caskroom/cask/xquartz   brew cask install java   brew tap homebrew/science   brew install r   brew install Caskroom/cask/rstudio
# For latex:
 
brew cask install mactex
 
brew install libsvg curl libxml2 gdal geos boost
 
R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers
 
brew tap caskroom/fonts
brew cask install font-fira-code
brew cask install iterm2
brew cask install gitup           # if you want a GUI for git stuff (h/t @jennybryan)

From MacOS command line terminal, for Rcomander

brew install pandoc

3. Lyx:

brew cask install lyx

3. Install R commader from Rstudio Terminal, run:

install.packages("Rcmdr")

run cmdr from Rstudio

library("Rcmdr")

Press Yes

4. Install all R Comannder plugins. From Rstudio terminal

## Obtain names of all packages on CRAN

names.available.packages <- rownames(available.packages())

## Extract packages names that contain Rcmdr
Rcmdr.related.packages <- names.available.packages[grep("Rcmdr", names.available.packages)]

Rcmdr.related.packages

## Install these packages
install.packages(pkgs = Rcmdr.related.packages)

5. Install Anaconda Navigator:

  • From MacOS terminal, type:
brew cask install anaconda
  • Launch anaconda navigator from launchpad.

4. Install Orange 3 Data Mining.

  • Press in Install and launch Orange3.
  • Create a new project
  • In Menu Panel go to Addons, and select everything

 

  • Close  anaconda navigator
  • From MacOS terminal, type:
  • conda update --all
  • Open anaconda navigator from launchpad.

5. Install glueviz.

From anaconda navigator, press on install.

6. Install Octave.

  • For instructions, see this.

7. Install maxima.

brew tap homebrew/science
brew install maxima
brew install wxmaxima

Or download from here and drug to Applications.

8. Install PSPP.

brew install pspp

To run PSPP, in terminal: $ psppire.

9. Other Software? See here.

Open source software for mathematics and statistics teaching (BEIO)

logoseio

He publicado un artículo sobre docencia con la Dra. Carolina Cosculluela-Martínez la Dra. Raquel Ibar en la revista BEIO sobre software de código abierto aplicado a la enseñanza en la edición de Julio de 2016 que espero que sea de interés general docente.

Pongo a disposición el enlace para todos aquellos que lo queráis consultar y, muy especialmente, para los alumnos que quieran tener una idea general sobre el potencial de estas herramientas.

 

R, RStudio y RCommander

RCommander

 

R es uno de los programas de análisis de datos con más futuro. La comunidad no para de crecer, tanto de usuarios como de desarrolladores. Quiero compartir con vosotros una lista de enlaces a varios lugares de interés para todos aquellos que queráis iniciaros en el uso de este software:

Interfaces

rkward EditorDataFrame_thumb[2] RKward: interfaz del proyecto KDE
rstudioblue-250 RStudio: Interfaz multiplataforma
Rlogo-1 R Commander: módulo de R con interfaz X11

 

Páginas de Howtos y de aprendizaje de R

  • RkTeaching: RKTeaching es un paquete de R que proporciona un plugin para la interfaz gráfica RKWard añadiendo nuevos menús y cuadros de diálogo especialmente diseñandos para la enseñanza de Estadística.
  • Statsteachr: Repositorio on line de acceso abierto con lecciones modulares.
  • QuickR: Página para aplicar R «lo antes posible».
  • GoUmh: Videotutoriales de R y R Commander.
  • R Comunidad Hispano: Cursos de R, muchos de ellos gratuitos.

¿Quieres pasarte a Linux? 5 Pasos.

Tux-G2Hoy en clase con mis alumnos de la URJC en Aranjuez he estado haciendo prácticas con SPSS, y les he recomendado encarecidamente que utilizen y aprendan PSPP y sobre todo R. Hay muchos programas de código abierto que son cada día más indispensables y provienen de Linux. Existen versiones para Windows y Mac, pero donde funcionan realmente bien es en el entorno nativo en el que nacieron.

Acto seguido, apareció la palabra : «Linux». Muy pocos lo utilizan como sistema operativo base, pero casi todos estaban interesados en echarle un vistazo. Así que sin entrar en demasiados detalles… algunas pistas.

1º. Primer paso: virtualbox.

Lo que más frena a los usuarios a cambiar de sistema operativo es el «vértigo» a abandonar lo conocido, migrar todos los archivos, correos electrónicos,… prescindir de programas que nos han llevado muchas horas aprender,…. la solución a esta étapa de transición es instalar virtualbox.

Virtualbox es un programa de virtualización que permite correr un sistema operativo «como si fuera un programa» dentro de nuestro ordenador físico. Esto nos permite instalar cualquier distribución linux, windows, solaris,… e incluso aunque sólo es legal en máquinas Mac, se puede virtualizar OSX.  En este sitio encontraréis varios tutoriales sobre virtualización, aunque están mas orientados a la virtualización en servidores. En internet, y «googleando» encontraréis muchos «tutos» sobre como instalar, por ejemplo, un Windows XP.

2º. Segundo Paso: ¿ Y ahora qué?

Para todos los que sepáis un poquito de inglés, os recomiendo dos páginas:

  • Ubuntuguide .- Explica de forma sistematizada como hacerlo prácticamente todo lo que nos puede interesar a los usuarios habituales.
  • Howtoforge.- Suele tener tutoriales para instalar distintos sistemas operativos, y configurar servidores LAMP y similares, programas varios, …

3º. Paso Tres: preparar la migración.

  • Openoffice: La mayor parte de los documentos de la clásica office de MS se pueden editar en Openoffice y LibreOffice (que en origen eran la misma aplicación). La única aplicación no compatible es Access, y es normal, porque Openoffice conecta directamente con SQL que es mucho más potente.
  • Correo electrónico y Thunderbird: Thunderbird es el cliente de correo de Mozilla, que conoceréis más por el potentísimo navegador Firefox. La gran ventaja de este cliente es que es multiplataforma y podéis importar todos vuestros correos desde Outlook, y luego llevarlos a Linux.
  • Software no compatible: Virtualbox y wine.
    • Con Virtualbox, podéis instalar un Windows en Linux y ejecutar la inmensa mayoría de las aplicaciones, a excepción de las que requieres potencia gráfica. Si sois unos «jugones», el sistema idóneo es Windows. Sin embargo,….
    • Con Wine podéis instalar programas de Windows directamente en Linux. Lo bueno es que los juegos que funcionan bien, funcionan muy bien, por ejemplo «World of Warcraft«, … lo malo es que es bastante inestable para la mayoría de las aplicaciones de ofimática, cono lo que hay que saber muy bien que versión es la que es más estable. Como regla general, todo lo que podáis instalar en el Windows virtual, mejor que mejor.

4º. Paso cuatro: pasarte a Linux.

  • Esto es un mero consejo y variará mucho de vuestro perfil como usuario de informática, pero:
    • Si no tenéis mucha idea, y queréis que la experiencia sea lo más comoda posible, las distribuciones recomendados son Ubuntu y Linux Mint.
    • Si tenéis pocos recursos, o queréis montar un servidor en casa, la distribución es Ubuntu Server y Debian.
    • Si tenéis muchos recursos en hardware, y queréis utilizar el ordenador en entornos empresariales, la distribución es CentOS (free), y Red Hat ( si podéis permitiros pagar el dinero de las licencias).
  • Yo uso Ubuntu para todo, incluso en entornos empresariales, pero también es cierto que «tuneo» el sistema operativo con el máximo detalle para impedir fallos en la seguridad, y hago un mantenimiento mensual para verificar las brechas de seguridad, y para eso hay que tener un nivel un poco más avanzado.

5º Paso: Paciencia.

  • Si necesitáis una aplicación, existe casi seguro, pero hay que encontrarla. Aquí os pongo algunos equivalentes:
    • Photoshop : GIMP.
    • CorelDraw y Adobe Illustrator: InkScape
    • MS Office: Openoffice.
    • Internet Explorer : Firefox ( ojo hay algunos sitios, sobre todo en las Administraciones Públicas «españolas» que cai te obligan a entrar con IExplorer. No hay problema, funciona muy bien con wine).
    • PiTorrent: Transmission ( y funciona infinitamente mejor).

Espero que os haya sido de utilidad. Si tenéis preguntas, os las contestaré encantado.

Mis 10 mandamientos en Linux

Mis diez mandamientos en llinux
Mis diez mandamientos en Linux

1. Un equipo nunca está obsoleto si sabes elegir la distribución y que uso darle.

2. Nunca pagues por productos basados en open source, dona a los proyectos que los mantienen.

3. Aprende a manejar la terminal, lo que aprendas te servirá para siempre.

4. Menos es más. Decide que necesitas antes de instalar, y abre el menor número posible de puertos.

5. La libertad tiene un precio, merece la pena prescindir de aplicaciones superfluas, o mantener aplicaciones antiguas.

6. Debian y Ubuntu para usuarios, empresas pequeñas y medianas. Las grandes empresas tienen sus propias distribuciones para sus distintas necesidades.

7. Si no encuentras las aplicaciones que necesitas en Linux, prueba a instalar una versión antigua con wine.

8. Si tu servidor lo aguanta, virtualiza y asigna cada grupo de servicios a una máquina virtual. aumenta muchísimo la seguridad.

9. Estudia detenidamente el particionamiento del disco duro. Separar los puntos de montaje en distintos directorios incrementa la seguridad.

10. Nunca instales las primeras versiones de una distribución, o un software libre. Espera todo lo que puedas hasta que estés seguro de que no hay «bugs».

De compras. Comprando Discos Duros. ¿Seagate, Hitachi, Western Digital?

Este post se podría haber titulado, ¡Bye, bye, Seagate! Le he estado comprando discos duros desde que me dedico a esto de la informática, y he de reconocer que en la última compra, ni me pensé la marca (muy mal hecho por mi parte). Hace un par de años compré 4 Seagate barracuda de 3TB, para montarlos en un Promise DS-4600. A los dos meses me falló un disco y le eché la culpa sin pestañear a Promise. Compré otros cuatro discos, y los monté en un servidor casero en ubuntu, en un Raid 10. Siguieron fallando. A día de hoy de los 8 discos me quedan 3 que no han dado error, pero por cuestiones de mera probabilidad, ya no me fio de ninguno de ellos. Acabarán la estantería como si fueran discos de 5900 rpm de los más baratos para respaldar información a largo plazo.

Me puse a investigar y descubrí un post sobre un informe de BlackBlaze a la que os dejo un enlace. Y la sorpresa fué desoladora.

fallos-disco-duro

La que había sido la mejor marca de Discos duros se convirtió de repente en la peor de todas. Ahora cuando escucho Seagate me hago cruces. He «tirado» unos 1200€ a la basura por confiar en Seagate, y eso no lo perdono. Cuando un usuario, ya sea empresa o particular, decide hacer una inversión de este calibre debería ser considerado con un poco de más respeto. La verdad es que me siento estafado. El informe de BlackBlaze, lo deja bastante claro. Dada la calidad de estos productos, no deberían tener el precio que tienen.

La gran sorpresa fue Hitachi, marca que yo siempre había considerado un poco «rara», pero que ha adoptado una política excepcional. La gran diferencia entre los discos de Hitachi, frente a WD o Seagate es que sus discos para RAID los HGST Deskstar NAS, son discos «enterprise» sin algunas funcionalidades de los Ultrastar. Los WD RED y los Seagate son Discos «desktop», con alguna funcionalidad extra. Los Hitachi Deskstar NAS, funcionan a 7200 rpm vs. las 5400 de los NAS de la competencia, y aunque son un poco mas ruidosos y seguro que se calientan un pelín más, la tasa de fallo los hace ampliamente preferibles.

La pregunta que viene ahora, ¿Raid o no?

Me atrevería a decir que el usuario medio tiende a tener más información en su casa que una Pyme, por una simple razón: contenidos multimedia.

La necesidad de respaldar grandes cantidades de información va e irá en aumento. Antes teníamos estantería llenas de libros, discos, CD’S,… y eso poco a poco ha ido cambiando a tener los discos duros llenos. Perder un disco duro, supone perder horas y horas de trabajo, y muchas veces, de horas de procesadores ardiendo comprimiendo vídeo, audio, …

Hay discos duros de una calidad inmensa. los «enterprise», que cuestan aproximadamente el doble que los discos habituales, los «desktop». Los primeros diseñados para formar parte de grandes grupos raid, y los segundos para estar sólitos en un equipo. Pero hay un dato que importa al usuario doméstico. Los primeros tienen una medida de calidad entre 1 y 2 MTBF (Mean Time Between Failures), y los desktop tienen valores muy por debajo del 1.

Como curiosidad os dejo un vídeo para ver por qué los discos duros para raid son mas caros que los desktop.

Luego comprarse un ultrastar para uso doméstico, puede no ser ninguna locura, si lo consideramos como una forma de proteger nuestra información. Sin embargo, los discos la mayor parte de las veces mueren por una subida de tensión, un golpe, falta de flujo de aire.

La única medida que tranquiliza de verdad es el raid. Si falla un disco, tenemos otro que conserva la información. El mejor raid para el usuario doméstico es el software raid de linux, o el raid de Mac OS. Una controladora tiene mas inconvenientes que ventajas, desde mi humilde punto de vista. Si muere la controladora, hay que disponer de otra «igual» para poder recuperar la información del raid. El Software raid, además de que es ampliamente comfigurable, también es exportable a otros PC’s sin necesidad de controladora. La ventaja fundamental de la controladora es que si hay una caida repentina del sistema conserva el caché de transferencia impidiendo que tengamos que hacer un rebuild del raid, pero practicamente por el mismo dinero que cuesta una controladora, y a veces por mucho menos, podemos adquirir un UPS (Unidad de Potencia Supletoria) por si se va la luz, seguir alimentando el ordenador.

Yo opto por el raid.

La segunda pregunta, ¿dispositivo de almacenamiento externo o linux server?

1. Un único equipo con copia de seguridad asociada: es lo de toda la vida. Nos compramos un buen disco duro ( yo os recomiendo el HGST IDK Deskstar, que es el que he comprado) y una SSD no muy grande para el Sistema Operativo (normalmente con 128-250Gb sobra). Os comento, que las SSD deben escribirse pocas veces para alargar su durabilidad, por lo que para el «scratching» es preferible tener un disco duro de alto rendimiento.

El problema viene con la copia de seguridad asociada. Hay dos tipos de dispositivos, por lo que he podido observar:

1. Dispositivos con control de RAID privativo: muchos dispositivos externos como el DS-4600 de Promise que os contaba antes, los WD My Cloud, y otros tantos, gestionan el funcionamiento del RAID con independencia del sistema operativo, es decir, olvidaos de usar el Software raid de linux, o de OSX, o el Jbod de Windows (aunque este no se si merece la pena contemplarlo). Si el raid falla, o pierdes toda la información o lo tienes que llevar a una empresa especializada que cobrará un trabajo difícil, delicado y por tanto caro.

2. Dispositivos esata o usb3, que hacen que el sistema operativo detecte los discos duros como si estuvieran dentro de la caja. Esto tiene la inmensa ventaja, sobre todo en entornos UNIX, de poder usar las herramientas del Software Raid, en caso de fallo de algún disco. Cosa que más tarde más temprano ocurrirá seguro, y además para eso tenemos un Raid, para defendernos en caso de fallo de un disco.

De ambas opciones, os recomiendo la segunda. Pero en ambos casos estos dispositivos tienden a calentar los discos duros, lo que acorta su vida, o ha hacer mucho ruido. Ambas cosas son malas para un entorno doméstico.

Si pretendemos dar una servicio a través de internet, lo que para un usuario doméstico significa acceder a sus archivos de una u otra forma, o presentar una página web,… tenemos que tener conectado el ordenador principal las 24 horas x 7 días a la semana, y eso es mucho consumo de energía para un hogar. Un ordenador de escritorio se tiene que reiniciar de vez en cuando, ya sea porque cambiamos alguna pieza de hardware, o actualizamos el software, o …. 1000 razones. El consumo de energía debe ser contemplado como una partida más del gasto en informática. La horas que un equipo está encendido también son horas de desgaste de todos los componentes que lo conforman, entre ellos los discos duros.

2. Home Server y Ordenador personal.

Ya hace años, con la aparición de los procesadores ARM que tener un servidor en casa no es nada descabellado. Por razones que ya he explicado en otros post, Linux toma una clara ventaja. Podemos optar por equipos de bajo consumo y cajas bien ventiladas que alargan la vida de los discos.

Yo en su momento opté un por una AMD Phenom de 4 núcleas y 16 Gb de RAM para virtualizar, que además me hacía las veces de Backup Server y servidor de internet. Pero investigando, investigando el otro día me encontré con esto.

microserver
HP Proliant microserver Gen 8

Se puede cambiar el procesador, desde el celeron que viene de base a un XEON, por ejemplo a un Intel BX80637E31230V2, a «3,5Ghz» x «4 nucleos» x «2 hilos», y se le pueden meter 16Gb de Ram ( y seguramente en un futuro no muy lejano 32Gbs). Sus 150w de fuente de alimentación,  lo convierte en un servidor de backup e internet perfecto para un hogar tal y como viene de serie. Pero la opción de expansión de procesador y memoria, lo hacen un servidor remoto perfecto de máquinas virtuales (Xen, vbox, vmware….) y una auxiliar en caso de necesidad de potencia de proceso.

Amazoneando un poco, el precio de la maquinita, a día de hoy es de 223,26€, y el equivalente en una unidad de backup externa, por ejemplo, el fantec QB-35USB3, cuesta 162,34€.

fantecLa diferencia de precio es casi insultante a favor del proliant, por la diferencia de consumo, pues el fantec necesita un ordenador encendido al lado para tener sentido, y el proliant en si mismo es un ordenador que nos presta otra multitud de servicios. Y lo más importante, el flujo de aire en el proliant tiene «mucha mejor pinta» que la caja externa. Os dejo un enlace a una amplia descripción de este servidor y a sus posibilidades.

 Respecto a los discos (a precios de Amazon a fecha de hoy) para incluir en el Raid yo he decidido cuatro modelos por su relación calidad precio, y os los comparto en la siguiente tabla.

Px/ud envio total ud Px/Gb 4 Ud RAID 10 RAID 5 Px Giga R10 Px Giga R5 Diferencia
HGST Deskstar NAS 4 TB 190,38 190,38 47,595 761,52 8 12 95,19 63,46 224,24
WD RED 4TB 178,49 2,99 181,48 45,37 725,92 8 12 90,74 60,49 188,64
HGST Deskstar NAS 3 TB 143,34 143,34 47,78 573,36 6 9 95,56 63,71 36,08
WD RED 3 TB 134,32 134,32 44,77333333 537,28 6 9 89,55 59,70 0

 

Ventajas de los WD RED: hacen el sistema más silencioso y menos temperatura.

Ventajas de los HGST: más rápidos ( un 20% aproximadamente por disco, no por raid) y una inferior tasa de fallo. Estos modelos podemos considerarlos «enterprise» sin alguna prestaciones extras.

Mi elección será los 4 Deskstar NAS de 3TB. Los comentarios que he encontrado de usuarios que los están usando son bastante tranquilizadores.

Espero que os haya sido de utilidad la comparativa. Y si tenéis discrepancias, seré el primer agradecido en que las comentéis en el blog.

Quitar el messenger de Windows XP

kill messenger

Sigo usando el viejo «Windows XP» como máquina virtual, y siempre tengo que desinstalar el messenger. Por eso, os dejo aquí la forma más rápida de hacerlo.

Desde el terminal ejecutamos

RunDll32 advpack.dll,LaunchINFSection %windir%\INF\msmsgs.inf,BLC.Remove

También podemos hacerlo dándole click al botón inicio, y la opción ejecutar.

Thanks to: trucoswindows.net

 

Comprimir archivos en Linux

CompressLa compresión de archivos es conocida por todos los usuarios de la informática. Dos son las ventajas que presenta para el día a día:

  1. Como su propio nombre indica, ahorra espacio, lo que facilita la transferencia de archivos a través de internet, y
  2. Transforma un conjunto de archivos en un archivo único, lo que también acelera la transferencia sobre tcp-ip.

En un entorno linux-server sin entorno gráfico, la compresión es uno de los procesos más sencillos para sacar copias de seguridad y restaurar ramas de directorios. Conserva los permisos y usuarios del entorno original. Aún así el uso de terminal puede resultar un poco «ortopédico», y para facilitar ste proceso, os dejo las instrucciones de compresión, expansión de alguno de los formatos más habituales en linux.

ZIP

Es tal vez el formato más común de toda la historia de la compresión de archivos, incluso a día de hoy. Una de sus mayores ventajas es que está disponible en todos los sistemas operativos, ya sea Linux, OSX o Windows. La contrapartida es que no ofrece la mejor tasa de compresión. Tar.gz y tar.bz2 son superiores en este aspecto.

Para comprimir un directorio con zip, la instrucción en el terminal es la siguiente:

# zip -r archivo_destino.zip directorio_a_comprimir

Para extraerla información (en el directorio en el que nos encontramos)

# unzip archivo.zip

TAR

Es el formato más común en el entorno Linux. Su gran ventaja es que consume muy poco tiempo y recursos de CPU, pro la tasa de compresión tampoco es muy elevada.

Para comprimir un directorio con tar, la instrucción en el terminal es la siguiente:

# tar -zcvf archivo_destino.tar directorio_a_comprimir

Para extraerla información (en el directorio en el que nos encontramos)

# tar -zxvf archivo.tar

Si queremos extraerla en un directorio en concreto

# tar -zxvf archivo.tar -C /directorio/de/destino

TAR

Es el formato más común en el entorno Linux. Su gran ventaja es que consume muy poco tiempo y recursos de CPU, pro la tasa de compresión tampoco es muy elevada.

Para comprimir un directorio con tar, la instrucción en el terminal es la siguiente:

# tar -cvf archivo_destino.tar directorio_a_comprimir

Para extraerla información (en el directorio en el que nos encontramos)

# tar -xvf archivo.tar

Si queremos extraerla en un directorio en concreto

# tar -xvf archivo.tar -C /directorio/de/destino

TAR.GZ

Este formato mezcla dos tipos de compresión, la tar con gzip, y es una de las mejores opciones, sino la mejor, respecto a la relación tasa de compresión y consumo de recursos.

Para comprimir un directorio con tar, la instrucción en el terminal es la siguiente:

# tar -zcvf archivo_destino.tar.gz directorio_a_comprimir

Para extraerla información (en el directorio en el que nos encontramos)

# tar -zxvf archivo.tar.gz

Si queremos extraerla en un directorio en concreto

# tar -zxvf archivo.tar.gz -C /directorio/de/destino

TAR.BZ2

Este formato es el que ofrece la mejor tasa de compresión, pero también es el que más consume recursos de todos.

Para comprimir un directorio con tar, la instrucción en el terminal es la siguiente:

# tar -jcvf archivo_destino.tar.bz2 directorio_a_comprimir

Para extraerla información (en el directorio en el que nos encontramos)

# tar -jxvf archivo.tar.bz2

Si queremos extraerla en un directorio en concreto

# tar -jxvf archivo.tar.bz2 -C /directorio/de/destino


Para implementar el formato privativo RAR a vuestra distro, podéis consultar el siguiente enlace.
Thanks to: http://www.simplehelp.net/2008/12/15/how-to-create-and-extract-zip-tar-targz-and-tarbz2-files-in-linux/